在流式細胞術中會使用多種熒光試劑，包括熒光偶聯抗體、DNA結合染料、活性染料、離子指示劑染料和熒光蛋白。
在過去的幾年里，由于相關試劑種類和數量的增加，用于流式細胞術實驗的參數數量發生了爆炸性增長。比如，用于偶聯單克隆抗體的熒光染料，如串聯染料和聚合物染料的數量急劇增加。此外，除了GFP之外，可用于轉染的熒光蛋白也有所增加，如mCherry、mBanana、mOrange、mNeptune等。本文就為大家介紹一下常用的流式熒光試劑。
有機小分子
有機小分子如熒光素(MW=389 D)、Alexa Fluor 488(熒光素類似物)、Texas Red(325 D)、Alexa Fluor 647(1464 D)、Pacific Blue和Cy5(762 D)通常用于抗體偶聯。它們具有一致的發射光譜，但有一個小的Stokes位移(激發波長和發射波長之間的差，約50-100 nm)。有機小分子很穩定，且很容易與抗體結合。目前，一些染料(例如Alexa Fluor, Thermo Fisher)經過特殊設計，可減小成像時的光漂白效應，是樣品需要成像分析時更好的試劑選擇。
藻膽蛋白
藻膽蛋白是來源于藍藻、鞭毛藻等藻類的大型蛋白質分子。藻膽蛋白的分子量大(例如藻紅素(PE)的分子量為240kD)，非常適合于定量流式細胞術，因為它們在偶聯過程中通常有1:1的蛋白質與熒光色素比例。藻膽蛋白具有較大的Stokes位移(75-200 nm)和穩定的發射光譜。然而，藻膽蛋白易受光漂白效應影響，不建議長時間或反復暴露于激發光源。常用的藻膽蛋白有藻紅蛋白(PE)，藻藍蛋白(APC)和葉綠素蛋白(PerCP)等。
量子點
量子點(Qdots)是半導體納米晶體，具有與納米晶體尺寸相關的緊密熒光發射光譜。它們最適合用紫外或紫色激光激發，但也可能被多個激光最低限度地激發。當 Qdots 用于多參數實驗時，這種最小激發使熒光補償復雜化。由于補償問題和難以結合抗體，Qdots在多參數染色面板中已在很大程度上被聚合物染料取代。