產品及特點
豬托克特諾病毒(Torque Teno Sus Virus, TTSuV)是一種新型環狀單鏈DNA病毒,又稱之為豬細環病毒。該病毒廣泛存在于不同代次的豬源原代、繼代細胞以及正常豬的體內。主要引起發熱、精神不振、被毛粗亂、漸進性消瘦,貧血,肌肉萎縮,衰弱無力,呼吸困難,咳嗽,水樣下痢或黑便等癥狀。豬托克特諾病毒1型(Torque Teno Sus Virus 1, TTSuV-1)在我國不少地區豬群中廣泛流行,單獨感染可引起仔豬出現一定的病理變化,因此快速檢測豬托克特諾病毒1型具有重要意義。
細環病毒(Torque Teno Virus, TTV)病毒體近似球形,直徑約30nm,無包膜,其基因組為環狀單鏈反義DNA,長約3.8kb。細環病毒19型(Torque Teno Virus 19, TTV-19)是指環病毒科甲型細環病毒屬(Alphatorquevirus spp.)的亞種之一。本產品就是以探針法qPCR技術為基礎開發的專門對豬托克特諾病毒1型/細環病毒19型進行檢測和分型的試劑盒,它具有下列特點:
1. 即開即用,用戶只需要提供樣品DNA模板。
2. 引物和探針經過優化,分析靈敏性高,可以達到100拷貝/反應。
3. 提供陽性對照,便于排除假陰性結果。
4. 特異性高,引物是根據TTSuV-1/TTV-19 DNA高度保守區設計,不會跟其他生物的DNA發生交叉反應。
5. 既可用于定性檢測,又可用于定量檢測。用于定量檢測時線性范圍至少為5個數量級。
6. 兩個探針分別用FAM和HEX標記,檢測和分型同時完成。
7. 本產品足夠50次20μL體系的探針法熒光定量PCR反應。
8. 本產品只能用于科研。
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成分
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規格
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包裝
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2×Probe qPCR MasterMix
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0.5mL
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0.5mL本色蓋
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熒光PCR專用模板稀釋液
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1mL
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1.5mL綠蓋管
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超純水
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50次
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1.5mL棕色管
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TTSuV-1/TTV-19雙重qPCR引物-探針干粉
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50μL
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0.5mL黃蓋管
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TTSuV-1 qPCR陽性對照(1×10E7拷貝/μL)
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50μL
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0.5mL白蓋管
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使用手冊
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1份
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無
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本產品采用五孔盒包裝
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注 意:引物-探針干粉在使用前需要短暫離心,然后在離心管中加入216 uL的超純水充分混勻后再使用,未用完的需要-20℃保存。
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使用方法
稀釋標準曲線樣品以陽性對照10E1-10E6拷貝/μL這6個10倍稀釋度
由于標準品濃度非常高,因此下列稀釋操作一定要在獨立的區域進行,千萬不能污染樣品或本試劑盒的其他成分。
1. 標記6個離心管,分別為A6,A5,A4,A3,A2,A1。
2. 在A1-A6號管中各加入45μL熒光PCR專用模板稀釋液。
3. 在A6號管中加入5 μL 1×10E7拷貝/μL 的陽性對照(試劑盒提供),充分震蕩1分鐘,得1×10E6拷貝/μL的標準曲線PC樣品。放冰上待用。
4. 換槍頭,在A5號管中加入5 μL 1×10E6拷貝/μL 的陽性對照(上步稀釋所得),充分震蕩1分鐘,得1×10E5拷貝/μL的標準曲線樣品。放冰上待用。
5. 換槍頭,在A4號管中加入5 μL 1×10E5拷貝/μL 的陽性對照(上步稀釋所得),充分震蕩1分鐘,得1×10E4拷貝/μL的標準曲線樣品。放冰上待用。
6. 重復上面的操作得到A1-A6共六個稀釋度的標準曲線陽性樣品。放冰上待用。
稀釋TTV-19檢測標準曲線樣品
7. 操作同上,只是使用TTV-19的PC作為模板。得到6個濃度的樣本放冰上待用,分別是B1-B6。
樣品DNA的制備
8. 如果有N個樣品,設置N+3個提取,多出的一個是TTSuV-1的PC(樣品制備陽性對照),一個是TTV-19的PC(樣品制備陽性對照),一個是NC(樣品制備陰性對照)。可以用10μL第一步和第二步所得的4號稀釋液再加上一定量的水使總體積跟樣本制備試劑盒所要求的起始樣本體積一樣,以此分別作為兩個PC。另外用水作為NC,水的總體積需要跟樣本制備試劑盒所要求的樣本體積一樣。
9. 用自選方法純化樣品的DNA,本試劑盒跟市場上大多數樣品DNA提取試劑盒兼容。也可以選購本公司的免提取核酸釋放劑。
Probe qPCR反應20 μL體系,在樣品制備室進行
10. 如果做定量分析并且只做1次重復,則標記N+3+1+6+6個PCR管,其中N+3個用于上步得到的N+3個樣品,1個用于qPCR陰性對照(用水做模板),6個用于TTSuV-1的標準曲線,另外6個用于TTV-19的標準曲線。如果做定性分析并且只做1次重復,則標記N+3+3個qPCR管,其中N+3個用于上步得到的N+3個樣品,1個用于RT-PCR陰性對照(用水做模板),1個用于TTSuV-1 qPCR陽性對照,1個用于TTV-19 qPCR陽性對照(直接用第一步和第二步所得的兩個4號稀釋液作為模板)。下面只以定量分析為例描述操作步驟。
數據處理
1. 如果擴增陽性對照或制備陽性對照結果為陰性,則整個擴增或制備實驗無效,不需要分析數據,需要重做擴增或制備或跟廠家聯系。如果擴增陰性對照或制備陰性對照結果為陽性,說明環境污染,則整個擴增或制備實驗無效,不需要分析數據,需要跟廠家聯系,購買新的引物和探針。
2. 如果陰性對照和陽性對照正常,則實驗有效,可以進入后續分析。
3. 如果把本試劑盒用于定量檢測,則以陽性對照濃度的log值為橫軸,分別以陽性對照(FAM通道)和(HEX通道)的Ct值為縱軸,繪制標準曲線,陽性對照的標準曲線為斜線,r2必須大于0.95。再以待測樣品的Ct值從陽性對照的標準曲線上推算出樣品DNA濃度的log值,再推算出其濃度。
4. 對定性檢測,只判斷陽性或陰性,則陰性對照的Ct必須大于40,或者沒有Ct值。陽性對照的熒光信號必須有對數增長,有典型擴增曲線,Ct值應該小于40。對待測樣品,如果其FAM通道的Ct大于40則為TTSuV-1陰性,如果小于或等于40則為TTSuV-1陽性。如果其HEX通道的Ct大于40則為TTV-19陰性,如果小于或等于40則為TTV-19陽性。
自備試劑
超純水,樣品DNA
運輸及保存
低溫運輸,-20℃保存,有效期1年